De passage dans une auberge, Zatoichi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés : retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père...
Lorsque le clan Yagyû est victime des espions rivaux de Kasumi, Yagyû Jûbei est appelé à l'action pour les protéger. Mais dans l'accomplissement de son devoir, il devient la cible de ceux qui veulent détruire son clan.
La famille Yagyu a enseigné le style d'escrime Shinkage depuis les générations. Maintenant, une nouvelle école a ouvert à Edo, qui prétend être le vrai style Shinkage. Yagyû Jûbei est face à son plus grand défi quand le maître de la nouvelle école prétend qu'il est le successeur...
