Suite à sa précédente aventure, Nobita a réussi à changer son avenir pour le mieux, obligeant Shizuka à l'épouser. Pris de désespoir, il décide cependant de retourner dans le passé pour retrouver sa grand-mère adorée, elle est décédée alors qu'il était encore à la maternelle et...
Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.
Une nuit, les méchants Yo-kai Laure et Marge volent la montre Yo-kai de Nathan Adams pour aider leur maître Lady Perpétua à empêcher les humains et Yo-kai d'être amis! Il rencontre alors Meganyan, qui lui dit que Yo-Kai sont réels. Lui et l'équipage se dirigent vers la grand-mère de...
