L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide...
Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses...
On suit l'histoire de Kotono, une très belle Geisha, qui a hérité de l'épée de son père et qui poursuit Hyoe, l'homme qui est l'assassin de son père. Elle rencontre sur son chemin des Ninjas et Assassins qui vont l'aider à découvrir le secret de son épée.
Nokomura Giko est une jeune fille quelque peu délinquante qui, un jour, voit toute sa classe se transformer en zombies. Elle va alors devoir utiliser tous les moyens nécessaires pour parvenir à survivre. Et quoi de mieux qu'une tronçonneuse pour exprimer ses actes ?
Juzo est le souffre-douleur de son camarade de classe Akai. Un jour, Akai menace Juzo avec une bouteille d'acide au vitriol et lui brûle accidentellement le visage. Dix ans plus tard, Juzo emménage dans l'appartement n° 13 de l'immeuble où vit également la famille d'Akai.
